Tuberculosis has been a scourge of humanity for hundreds of years. In the 18th and 19th centuries, tuberculosis was called the white plague and in some countries in Europe and the US was responsible for 20% or more of all deaths. Today, out of all infectious agents, tuberculosis remains the biggest killer, surpassing even HIV and malaria. In 2015, according to WHO, there were nearly 10.4 million new cases of tuberculosis and around 1.8 million people died from the disease, making it one of the top 10 causes of deaths worldwide. Although there are plans to eliminate it within the next couple of decades, the incidence is currently only falling by about 1.5% per year. Part of the problem is the nature of the disease, which takes months to develop and requires months of multi-drug chemotherapy to cure. It can also stay latent for decades and then emerge to cause serious illness. Another problem, this one man-made, is the drug resistance and multi-drug resistance that make TB much harder to cure.

To provide an up-to-date overview of the disease, the Institut Pasteur has created a MOOC dedicated to Tuberculosis. This course will provide a knowledge base that goes from the basics of TB to the current state of knowledge on various aspects of tuberculosis: the clinical picture, epidemiology, pediatric TB, factors affecting susceptibility to the disease, including HIV, diabetes and human genetics, immunology, vaccines, diagnosis, current and future ways to detect drug resistance, and how to treat drug sensitive and multi-drug resistant strains. It will also discuss clinically important non-tuberculous mycobacterial infections and how to diagnose and treat them. It will present recent advances in molecular techniques for diagnosis and drug sensitivity testing, including Whole Genome Sequencing, and the new, shorter and more effective treatment regimens to cure Multi-Drug Resistant TB.
The course aims at providing a broad overview of the current state of knowledge about tuberculosis for physicians, nurses and other health and public health workers, microbiologists, pharmacists, researchers and students. It will serve as a valuable update for people working with tuberculosis, a thorough introduction for those who are new to the field and a great opportunity for all those who want to broaden their understanding of the disease.
La tuberculose est un fléau de santé publique depuis des centaines d’année. Aux 18e et 19e siècles, on la qualifiait de peste blanche et dans certains pays en Europe et aux Etats-Unis, la tuberculose était responsable de 20% de tous les décès. Aujourd’hui, elle reste la maladie infectieuse la plus mortelle, devant le SIDA et le paludisme. En 2018, selon les chiffres de l’OMS, 10 millions de personnes ont contracté cette maladie et 1,5 million en sont mortes, faisant de la tuberculose l’une des dix premières causes de mortalité dans le monde. Malgré des plans d’élimination de la tuberculose dans les deux prochaines décennies, l’incidence annuelle ne diminue que de 1,5% par an. Le problème provient en partie de la nature même de la maladie, qui se développe lentement pendant des mois et dont le traitement nécessite plusieurs mois d’une association de plusieurs médicaments. La tuberculose peut aussi rester latente pendant des décennies puis émerger soudain et provoquer une maladie grave. Une autre difficulté, liée celle-ci à l’homme, provient de l’apparition de résistances au traitement, voire de multi-résistances, qui rendent la guérison beaucoup plus difficile.
L’Institut Pasteur a entrepris de réaliser ce MOOC pour faire le point sur la tuberculose et ses derniers développements. Ce MOOC couvrira pour les participants des sujets très variés, allant des connaissances de base jusqu’aux dernières découvertes sur les aspects cliniques, l’épidémiologie, la tuberculose infantile, les facteurs influant sur la susceptibilité à la maladie (infection par le VIH, diabète, facteurs génétiques), la réponse immune à l’infection, les vaccins, les méthodes de détection de la résistance et le développement de traitements efficaces contre la tuberculose (y compris multirésistante. Ce MOOC évoquera aussi les cas d’autres infections à mycobactéries (en dehors de la tuberculose), la manière de les détecter et de les traiter. Ce MOOC présentera également les avancées récentes des techniques moléculaires de diagnostic et de test de sensibilité aux médicaments, y compris le séquençage du génome complet et les nouveaux traitements contre la tuberculose multirésistante.
Ce MOOC vise à apporter un panorama large sur la tuberculose, s’appuyant sur les dernières découvertes des laboratoires, aux professionnels de santé et de santé publique, aux microbiologistes, aux pharmaciens, aux chercheurs et aux étudiants en sciences de la vie. Ce MOOC se propose également de servir de mise à jour pour les médecins, les infirmières et les travailleurs sociaux travaillant sur la tuberculose ou dans la prise en charge des malades, mais également d’introduction solide pour ceux qui ne sont pas familiarisés avec la maladie, souhaitent élargir leurs connaissances et améliorer leur compréhension.

Format
This MOOC is organized in 6 weeks. Each week is composed of 4 to 6 sequences. In each sequence, you find a 10 minute video and two multiple choice questions (MCQ) to help students check their understanding. The videos are in English subtitled in French and in English. A certification exam (in English or in French) is accessible only for students registered to the “qualifying path”.
Ce MOOC est composé de 6 semaines d’enseignement. Chaque semaine comporte 3 à 6 séquences. Chaque séquence se compose d’une vidéo d’environ 10 minutes et de deux QCM afin que les étudiants testent leurs connaissances. Les vidéos sont en anglais sous-titrées en français et en anglais. A la fin de chaque chapitre, des questions à choix multiple en anglais vous seront posées. Un examen de certification (en français ou en anglais) est proposé aux étudiants inscrits au parcours qualifiant.

Requirements /Prérequis
This MOOC is aimed at people interested in Tuberculosis: microbiologists, researchers in infectious diseases, biologists, physicians, epidemiologists, public health workers and patient education, as well as students in any of these areas.
A bachelor of science, a degree in a health related field or a good scientific background is recommended to be able to participate in this MOOC.
Ce MOOC s'adresse à tous ceux qui souhaitent mieux comprendre les données actuelles et les challenges futurs de la tuberculose : microbiologistes, chercheur en infectiologie, médecins internes et infectiologues, épidémiologistes, médecins de santé publique et responsables institutionnels.
Il est conseillé de disposer d’une licence de sciences, d’un diplôme dans le domaine de la sante ou plus généralement de connaissances en sciences pour suivre ce MOOC.

Course syllabus/plan du cours

Week 1: Introduction and TB Epidemiology // Première semaine : Introduction et Epidémiologie de la tuberculose

Presentation of patients/Présentation des patients
History of Tuberculosis/Histoire de la tuberculose
Tuberculosis epidemiology/Epidémiologie de la tuberculose
Interferon Gamma Release Assays for the diagnosis of Tuberculosis/Les tests Interferon Gamma Release - Assays pour identifier une infection tuberculeuse
Pediatric tuberculosis/Tuberculose chez l’enfant
Tuberculosis, HIV, Diabetes/Tuberculose, VIH et Diabète

Week 2: TB Immunology // Deuxième semaine : Immunologie de la tuberculose

Immunology of Tuberculosis/Immunologie de la tuberculose
Mycobacterium tuberculosis interactions with host cells/Interactions entre Mycobacterium tuberculosis et les cellules de l’hôte
Interaction between Mycobacterium tuberculosis and the Host Immune System/Interactions entre Mycobacterium tuberculosis et le système immunitaire de l’hôte
Host-Pathogen interactions/Interactions hôte-pathogènes
BCG vaccination and other vaccines against tuberculosis/Vaccination par le BCG et autres vaccins contre la tuberculose

Week 3: Tuberculosis genomes: evolution, molecular epidemiology, drug resistance // Troisième semaine: Génomique de la tuberculose: Evolution, épidémiologie moléculaire, résistance au traitement

The evolution of tuberculosis-causing mycobacteria/Evolution des mycobactéries entraînant la tuberculose
Whole genome sequencing of M. tuberculosis as a epidemiological marker/ Séquençage du génome entier de M. tuberculosis comme marqueur épidémiologique
Core genome Multilocus Sequencing Typing (cgMLST) and Whole Genome Sequencing (WGS)/ Sequençage du génome entier (WGS) et typage par séquençage multilocus (MLST)
History of Drug resistance/Histoire de la résistance de la tuberculose aux traitements

The mutations that define XDR-TB/Les mutations qui définissent la résistance extensive aux traitements

Week 4: Drug Resistance // Quatrième semaine: Résistance au traitement

GeneXpert® and Xpert® MTB/RIF case studies/Etudes de cas résistants par le test MTB/RIF
Cultures, Hain, Isoniazid and Rifampicin resistance/Résistance à l’isoniazide et à la rifampicine
Pitfalls in the molecular diagnosis of Tuberculosis/ Pièges du diagnostic moléculaire de la tuberculose.
Clinical usefulness of whole genome sequencing: potential for improved management of MDR and XDR TB/Utilité du séquençage total du génome: intérêt pour la prise en charge des cas de multirésistance et de résistance extensive
Drug resistance prediction by genome sequencing/Prédiction de la résistance au traitement par séquençage
DEEPLEX/ DEEPLEX

Week 5: Treatment // Cinquième semaine: Traitement

Treatment of tuberculosis including MDR and XDR cases / Traitement de la tuberculose, incluant les cas de multirésistance et de résistance extensives
New drugs, new regimens/ Nouveaux traitements, nouvelles posologies
The short-course treatment for multidrug resistant tuberculosis/ les protocoles courts de traitement de la tuberculose multirésistante
New and rediscovered TB drugs/ Médicaments antituberculeux nouveaux et redécouverts
NTM detection and speciation; when to treat?/Détection et spéciation des mycobactéries non tuberculeuses

Week 6: Future Approaches and Challenges // Sixième semaine: Nouvelles approches, nouveaux challenges

New vaccines/ Nouveaux vaccins
Computer-Aided-Diagnosis for TB (CAB4TB) / Diagnostic de la Tuberculose assistée par ordinateur (CAB4TB)
Tuberculosis Drug Discovery/ Recherche de nouveaux médicaments anti tuberculeux
Microfluidics to study Phenotypic Heterogeneity in Mycobacteria / Intérêt de la microfluidique pour l’étude de l’hétérogénéité phénotypique des mycobactéries